De baggerspecie moet bewerkt worden om de aanwezige verontreinigde stoffen af te breken of te verwijderen, grove delen te verwijderen en de baggerspecie te ontwateren. Afhankelijk van de samenstelling van de baggerspecie kunnen verschillende scheidingstechnieken, reinigingstechnieken en ontwateringstechnieken ingezet worden. Het bewerken van de baggerspecie in baggerdepots die vergunningplichtig zijn op grond van de Wet milieubeheer (Wm), is een erkenningsplichtige activiteit (BRL 7500 en protocol 7511, zie ook het wijzigingsblad). Protocol 7511 beschrijft de eisen aan de bewerking van baggerspecie tot grond met eenvoudige technieken, zoals zandscheiding met sedimentatiebekken, rijping en landfarming. Onder bepaalde voorwaarden is het mogelijk een weilanddepot voor ontwatering van baggerspecie aan te leggen zonder dat een Wm-vergunning hoeft worden aangevraagd.
Ook onder de Omgevingswet is voor het bewerken van baggerspecie, anders dan het ontwateren van baggerspecie in baggerspeciedepots, een erkenning vereist. De vergunningplicht voor bewerken van baggerspecie en de uitzondering voor ontwateren is te vinden in paragraaf 3.5.8 van het Besluit kwaliteit leefomgeving.