Mogelijk moeten voor het realiseren van een ingreep in de waterbodem vergunningen worden aangevraagd en/of meldingen worden uitgevoerd. Denk bij meldingen onder het huidige recht bijvoorbeeld aan de melding voor lozingen bij graaf- of baggerwerkzaamheden op grond van het Besluit lozen buiten inrichtingen en de melding voor het toepassen van baggerspecie (met inbegrip van verspreiden in oppervlaktewater en tijdelijke opslag in depots) op grond van het Besluit bodemkwaliteit. Bij vergunningen kunnen de Wet algemene bepalingen omgevingsrecht (voor het inrichten van een stortplaats voor verontreinigde baggerspecie) en de Wet natuurbescherming (voor het verstoren van beschermde flora en fauna) relevant zijn.
Onder de Omgevingswet blijft de meldplicht voor het toepassen van baggerspecie bestaan. De melding moet worden ingediend bij de waterbeheerder (bij toepassingen in oppervlaktewater) of de gemeente (bij toepassingen op de landbodem). Ook de vergunningplichten voor stortplaatsen en voor het verstoren van beschermde flora en fauna komen terug; voor beide vergunningen is de provincie het bevoegde gezag. De regels hierover staan voortaan in het Besluit activiteiten leefomgeving. De melding voor graaf- of baggerwerkzaamheden in oppervlaktewater is voor de rijkswateren geschrapt. Voor de regionale wateren staat bij inwerkingtreding van het nieuwe stelsel een informatieplicht voor lozingen bij graaf- en baggerwerkzaamheden in de waterschapsverordening, maar waterschappen zijn na inwerkingtreding bevoegd om deze informatieplicht te schrappen.
Zie deze pagina voor meer informatie over het wettelijk kader.