In de ontwerpfase kan een uitvoeringsplan opgesteld worden voor het betreffende baggerwerk of ingreep in de waterbodem. Het is niet voor elk baggerwerk noodzakelijk om een uitvoeringsplan op te stellen. Dit is afhankelijk van de aanleiding en grootte van het werk. Ook de eisen die contractueel gesteld worden zijn hierin bepalend. Als de uitvoering plaatsvindt of moet plaatsvinden volgens SIKB-protocol 7003 is het opstellen van een uitvoeringsplan overigens wél verplicht.
In het uitvoeringsplan wordt ingegaan op de milieukundige aspecten van het baggerwerk. Voor een gedegen uitvoeringsplan is de volgende informatie van belang: milieuhygiënische gegevens, geotechnische en -fysische informatie, hydrografische gegevens, aanwezigheid van kabels en leidingen, gegevens over flora en fauna, areaal gegevens en omgevingsgerelateerde locatieaspecten.
Het uitvoeringsplan dient de volgende zaken te beschrijven:
- De aanleiding en doelstelling van het baggerwerk;
- Locatietype, oftewel in welk gebied de baggerwerkzaamheden plaatsvinden: industrieel, stedelijk of landelijk water, de grootte van het oppervlaktewater, het gebruik en de functie van het oppervlaktewater, stromingssituatie (snelstromend, getijde, stilstaand water), oevergebied et cetera;
- Het te baggeren profiel en op basis daarvan te verwachten baggervolume;
- De in te zetten baggertechniek;
- De werkgrens van het baggerwerk (geografische grens in het horizontale én verticale vlak);
- Relevante maatwerkregels of -voorschriften (voor zover deze een effect hebben op de kwaliteit van de uitvoering van het baggerwerk).
Voor veel voorkomende uniforme projecten en voor dezelfde opdrachtgever kan een overkoepelend uitvoeringsplan opgesteld worden dat voor meerdere gelijksoortige (deel)projecten geldt. Daarnaast wordt in het uitvoeringsplan een maatregelenpakket vastgesteld voor de mogelijk optredende ongewenste gebeurtenissen. Hierbij wordt onderscheid gemaakt tussen generieke maatregelen (die in alle situaties van gelijke aard zijn) en situationele maatregelen (die per baggerwerk in aard en omvang kunnen verschillen).
SIKB-Protocol 7003 beschrijft specifieke eisen waar certificaathouders en de door hen ingezette personen aan moeten voldoen voor het waarborgen van de kwaliteit van de uitvoering bij ingrepen in de waterbodem en waterbodemsanering.