Waterbodemwijzer.nl geeft informatie over het goed uitvoeren van ingrepen in de waterbodem (waterbodembeheer). Het werkproces van waterbodembeheer kan worden ingedeeld in een aantal fasen. Dit gefaseerde werkproces vormt de hoofdstructuur van deze website. Per fase zijn de belangrijkste activiteiten en informatie beschreven. Verwezen wordt ook naar andere bronnen voor meer informatie. Daarnaast bevat de website nog een aantal pagina’s die aan het werkproces gelieerd zijn, zoals het wettelijk kader, informatiepunten, veilig werken en kennisuitwisseling.