Om ingrepen in de waterbodem te kunnen uitvoeren moet de milieuhygiënische kwaliteit en de hoogteligging van de waterbodem bekend zijn. Ook kan voor het bepalen van de bestemming van de baggerspecie een milieuhygiënische verklaring noodzakelijk zijn.
Daartoe wordt in de voorbereiding van de ingreep een waterbodemonderzoek uitgevoerd. Het milieuhygiënisch vooronderzoek vindt plaats volgens NEN 5717 en het uitvoeren van het milieuhygiënisch deel van een waterbodemonderzoek moet op grond van hoofdstuk 2 van het Besluit bodemkwaliteit en de Regeling bodemkwaliteit volgens NEN 5720 en onder erkenning volgens SIKB-protocol 2003 worden uitgevoerd. Onder de Omgevingswet blijft dat hetzelfde.
Zonder goed veldwerk geen goed waterbodemonderzoek. Voor het goed uitvoeren van dit veldwerk is een richtlijn opgesteld: de BRL 2000 en AS 2000 (zie ook het wijzigingsblad). De praktische uitwerking van veldwerk in waterbodems is beschreven in het SIKB-protocol 2003. Milieuhygiënisch waterbodemonderzoek moet worden uitgevoerd door een erkende veldwerker.
De veldmonsters worden geanalyseerd conform AS 3000 en onderliggende protocollen 3210-3290. Op de verwerking en analyse van monsters in het laboratorium is een groot aantal NEN-normen van toepassing. Welke dat zijn is in de protocollen beschreven.
De analyseresultaten worden getoetst aan de daarvoor geldende normen uit het Besluit bodemkwaliteit. Per toepassing van het Besluit bodemkwaliteit is een toetsingskader ontwikkeld, dat in de Regeling bodemkwaliteit is uitgewerkt. Onder de Omgevingswet zijn de regels over toepassing van baggerspecie opgenomen in het Besluit activiteiten leefomgeving. Voor de normen die gelden voor de kwaliteit van de baggerspecie wordt vanuit het Besluit activiteiten leefomgeving verwezen naar het Besluit bodemkwaliteit en de Regeling bodemkwaliteit 2021.
Voor het toetsen van analyseresultaten aan de wettelijke kaders kan gebruik worden gemaakt van diverse toets-applicaties die al dan niet gebruik maken van de toets- en validatieservice BoToVa die door Rijkswaterstaat Leefomgeving is ontwikkeld.