De Omgevingswet gaat onder andere de Waterwet en de Wet milieubeheer vervangen. Het watersysteembeheer komt op dezelfde wijze terug in de Omgevingswet, inclusief het waterbodembeheer. De waterbeheerders zijn nog steeds de waterschappen en het Rijk. De begrenzing van de rijkswateren is voortaan te vinden in de Omgevingsregeling in plaats van de Waterregeling. De Omgevingswet treedt naar verwachting op 1 januari 2023 in werking.
De keur wordt met de inwerkingtreding van de Omgevingswet vervangen door de waterschapsverordening. In die waterschapsverordening komen (via de zogeheten bruidsschat) ook de regels over lozingen bij baggerwerkzaamheden te staan. Waterschappen zijn vervolgens bevoegd om die regels aan te passen, door wijziging van de waterschapsverordening. Voor de rijkswateren komen de regels over lozingen bij baggerwerkzaamheden niet terug. Voortaan geldt voor de rijkswateren alleen de specifieke zorgplicht bij lozingen tijdens het baggeren. Er geldt dus geen meldplicht meer voor lozingen bij baggeren in rijkswateren.
De Omgevingswet bevat, net als de Waterwet, de verplichting om een legger voor waterstaatswerken vast te stellen met de ligging, vorm, afmeting en constructie van onder andere watergangen. De onderhoudslegger op grond van de Waterschapswet blijft als aparte legger bestaan, deze wordt niet geïntegreerd in de Omgevingswet.
De regels over het toepassen van baggerspecie komen terug in het Besluit activiteiten leefomgeving. De regels zijn vergelijkbaar met die van het Besluit bodemkwaliteit. Een verschil is dat de mogelijkheden van verspreiden van baggerspecie op de landbodem wordt verruimd. Voortaan mag baggerspecie ook worden verspreid op landbouwgronden tot ten hoogste tien kilometer afstand vanaf de plaats waar de baggerspecie is vrijgekomen. De kwaliteitseisen voor baggerspecie blijven in het Besluit bodemkwaliteit staan. Dat besluit krijgt een nieuwe citeertitel: Besluit bodemkwaliteit 2021.