Het gehele werkproces rondom het uitvoeren van ingrepen in de waterbodem kan worden verdeeld in vijf fasen:
- Initiatie
- Onderzoek
- Ontwerp
- Uitvoering
- Afronding
Iedere fase bestaat uit een aantal activiteiten, zoals het aanvragen van vergunningen (initiatiefase), het uitvoeren van een waterbodemonderzoek (onderzoeksfase), het opstellen van een bestek (ontwerpfase), het uitvoeren van de ingreep (uitvoeringsfase) en het evalueren van een uitgevoerd project (afrondingsfase).